Pesantren Sabilil Muttaqien mengembangkan model pendidikan kombinatif. Kegiatan pendidikan kepesantrenan, madrasah mu’allimin dan pendidikan formal ( Madrasah Tsanawiyah dan Aliyah) terintegrasi menjadi satu sistem yang saling mendukung dan melengkapi. Ketiga unsur ini disinergikan dari segi kompetensi dan materi dalam tingkat pengetahuan yang berjenjang dalam kerangka pendidikan 6 (enam) tahun.
Jadi target pendidikan akan tercapai dengan baik, ketika anak didik telah meyelesaikan pembelajaran di pesantren dalam rentang waktu 6 tahun tersebut.
Untuk melengkapi dan menyempurnakan kemampuan anak didik. Selain program wajib, pesantren merancang program pilihan intensif dan pengembangan diri yang berorientasi pada pengembangan kemampuan yang spesifik. Program ini disediakan melayani kebutuhan, bakat dan minat santri sehingga semua potensi yang di miliki setiap individu akan tercover dan terberdayakan dengan program pendidikan pesantren.
Program Pendidikan Formal
- Madrasah Tsanawiyah ( MA )
- Madrasah Aliyah ( MTs )
Program Pendidikan nonformal
- Madrasah Mu’allimin Al Islamiyah ( MMI )
Program Pilihan Intensif
- Tahfidzul Qur’an
- Program lain sesuai kebutuhan
Program Pengembangan diri Wajib
v Information technology Computer ( ICT )
v Program pengembangan Bahasa Arab dan Inggris
v Publik Speaking
v Pramuka
v Interpreneurship
Program Pengembangan diri optional
- Kamputer grafis
- Internet Marketting
- Fotograpi
- Web Designer
- Multimedia
- Agrobisnis
- Seni baca Al Qur’an
- Kaligrafi
- Seni Musik ( Hadroh, Nasyid, Band )
- Club Olah Raga
- Jurnalistik
- Paskibra
- Teknik skill lain sesuai bakat dan minat santri